Memandangkan Virus Buah Tomato Brown Rugose menjangkiti tumbuhan tomato dan lada di seluruh dunia, syarikat benih sedang berusaha untuk membiak tomato tahan.
Sumber genetik dan genomik yang kaya telah tersedia untuk penternak tomato walaupun sebelum permulaan projek penjujukan genomik tomato. Pengumpulan plasma nutfah tomato yang besar telah lama ditubuhkan di beberapa lokasi. Lebih daripada 75,000 aksesi tomato dipelihara dalam bank gen di seluruh dunia. Salah satu yang terbesar ialah bank gen USDA di Geneva, NY.
Penjujukan genom tomato telah dimulakan pada tahun 2005 sebagai usaha multinasional antara 14 negara dan diselesaikan pada tahun 2012. Usaha ini telah dipercepatkan dengan penggunaan kecerdasan buatan, pembelajaran mesin dan algoritma lanjutan untuk menganalisis kuantiti besar data genetik dan fenotip.
Tomato Pan-Genom
Penyelidik dari Institut Boyce Thompson pada tahun 2020 mencipta genom rujukan berkualiti tinggi untuk tomato liar bagi menghasilkan pan-genom tomato yang lebih lengkap dan berguna. Mereka menemui bahagian genom yang mendasari rasa buah, saiz dan kematangan, toleransi tekanan dan rintangan penyakit. Terima kasih sebahagiannya kepada teknologi penjujukan termaju yang boleh membaca kepingan DNA yang sangat panjang, genom rujukan lebih lengkap dan tepat daripada pangkalan data sedia ada.
Teknologi penjujukan lama yang membaca kepingan DNA yang lebih pendek mengenal pasti mutasi pada tahap asas tunggal. Namun, mereka tidak pandai mencari varian struktur seperti sisipan, pemadaman, penyongsangan atau penduaan ketulan besar DNA.
Pada tahun 2019, sekumpulan penyelidik antarabangsa membina pan-genom tomato menggunakan jujukan genom daripada 725 varieti yang mewakili filogenetik dan geografi. Pangkalan data ini termasuk 4,873 gen yang tidak ditemui dalam genom rujukan asal. Analisis variasi semasa/tidak hadir mendedahkan kehilangan gen yang besar dan pemilihan gen dan penggalak negatif yang sengit semasa pembiakan dan penambahbaikan tomato.
Baca artikel lengkap di www.seedworld.com.